Việc sáp nhập sẽ đem lại rất nhiều lợi ích. Nhưng trong giai đoạn hiện nay, quá trình này đã bộc lộ một số bất lợi như:
Khó khăn trong định giá thương mại
Để đánh giá giá trị thương mại của một doanh nghiệp bị sáp nhập có những ưu nhược điểm gì rất là khó. Nếu xảy ra sai sót trong quá trình định giá thì doanh nghiệp mới thành lập sẽ không kinh doanh hiệu quả, không tạo ra giá trị. Dẫn đến việc sớm bị thị trường bỏ rơi.
Khó khăn trong quản lý doanh nghiệp
Khó khăn này có thể bắt nguồn do mâu thuẫn nội bộ từ việc nắm quyền hành sau sáp nhập. Doanh nghiệp mới sáp nhập do sự khác biệt về văn hóa, đặc kiểm kinh doanh và hướng phát triển dẫn đến thiếu đi tính đồng bộ. Chính vì thế, để khắc phục được khó khăn trong quản lý doanh nghiệp thì cần phải có sự nhượng bộ nhau trong quá trình hợp tác. Rủi ro ở quá trình này rất dễ dẫn đến việc đánh mất một số cổ đông lớn vì không thuyết phục được họ về khả năng sinh lời.
Nguy cơ đánh mất khách hàng và thị trường
Mục đích của hoạt động sáp nhập là nâng cao giá trị cổ phiếu của mình trên thị trường. Do đó hoạt động kinh doanh sau khi mua bán không thể đáp ứng được nhu cầu của khách hàng. Dẫn đến việc khách hàng rời đi và cũng không nhận được sự ủng hộ của các phân khúc thị trường.
Tốn thời gian nhưng không đạt kết quả như mong đợi
Khi bắt tay sáp nhập doanh nghiệp là họ đã phải bỏ ra thời gian, tiền bạc để nghiên cứu và tìm hiểu. Tuy nhiên, kết quả thu về có thể không đạt được như mong muốn.